El CdeC fue fundado en 2014 por doctorandos mexicanos de Harvard y el MIT con la misión de “ampliar el acceso a una educación científica de alta calidad, inspirar y orientar a futuras generaciones de investigadores a través de una red de colaboración científica”. En un año, el proyecto se expandió a Colombia y Bolivia, habiendo capacitado a 4.500 estudiantes. En 2017, como parte del proyecto de expansión, los Clubes de Ciencias llegaron a Brasil, Paraguay y Perú y hoy está presente en 9 países, en los que más de 15 mil estudiantes han sido capacitados por más de 1000 instructores. En 2020 se creó Science Clubs International, una organización no gubernamental que agrupa a todos los Clubes de Ciencias del mundo.